Bei üblicher Zweifaktorauthentisierung mittels FIDO unterstützt Nitrokey eine unbegrenzte Anzahl von Accounts. In den meisten Fällen kommt dies Verfahren zum Einsatz. Lediglich für "resident keys", die für passwortlose Authentisierung verwendet werden existiert ein Limit. Die genau Zahl steht noch nicht fest aber es werden mindestens 50 Accounts unterstützt. Existierende Schlüssel/Accounts lassen sich wieder löschen. Dies greift auch für die Registrierung mit unterschiedlichen Benutzern auf der gleichen Webseite.